Năm 1957, trường được thành lập có tên là trường Trung học Bình Tuy.Từ 27/10/1975, trường mang tên trường THPT Hàm Tân. Từ đó, ngày 27/10 hàng măm được chọn là ngày truyền thống của trường.
Năm 2005, khi huyện Hàm Tân được tách thành thị xã LaGi và huyện Hàm Tân, thì từ 2006 trường được vinh dự mang tên người anh hùng dân tộc Lý Thường Kiệt.